Věra Janíková se ve své pedagogické a badatelské činnosti zaměřuje na didaktiku cizího jazyka. V širokém spektru témat dotýkajících se procesů učení a vyučování cizích jazyků se soustřeďuje zejména na výuku německého jazyka u žáků se speciálními vzdělávacími potřebami, výuku němčiny jako dalšího cizího jazyka, na fenomén vícejazyčnosti a mnohojazyčnosti a na výzkum v oblasti dalšího poznávání kvality v profesi učitele cizího jazyka. Do českého oborově didaktického diskurzu přináší nové téma, kterým jsou jazykové krajiny (linguistic landscapes) ve výuce němčiny jako cizího jazyka. Věnuje se i dalšímu vzdělávání pedagogických pracovníků, je členkou redakčních rad několika domácích i zahraničních odborných časopisů a různých odborných grémií, například členka hodnotícího panelu Rady pro výzkum, vývoj a inovace pro hodnocení výsledků ve vědě při Úřadu vlády a hodnotitelka Národního akreditačního úřadu pro vysoké školství.